El GSDE tiene los siguientes niveles de funcionamiento:
El Grupo de Embajadores y Representantes (GER)
Representa el nivel político del GSDE y está compuesto por los Embajadores de los países y los Representantes Residentes de los organismos multilaterales miembros.

Las funciones principales del GER son:
- Seguimiento y análisis del cumplimiento de los compromisos establecidos por el Gobierno de Honduras en el marco de los principios de la Declaración de Estocolmo, la iniciativa HIPC y ERP, y otras iniciativas que promuevan el desarrollo nacional del país, incluyendo los reportes periódicos de los representantes del Consejo Consultivo.
- Intercambio de información, experiencias y opiniones, en un ambiente de reserva y confidencialidad, sobre temas de actualidad vinculados al proceso de desarrollo nacional del país.
- Información a la comunidad de cooperantes sobre el progreso del proceso de desarrollo nacional y reducción de la pobreza.
- Elección de los miembros que representarán al GSDE en las diversas comisiones y foros (Consejo Consultivo de Reducción de la Pobreza , Foro para el Fortalecimiento de la Democracia y otros por definir).
- Otros que el Grupo decida.
Para cumplir con estas funciones, el GER sostendrá reuniones internas mensuales. Asimismo sostendrá reuniones periódicas con los más altos niveles del Gobierno de Honduras y del Congreso Nacional, así como de otros Poderes del Estado. Su contraparte principal en el Gobierno será el Secretario del Despacho Presidencial. El GER podrá reunirse con otros actores que estime conveniente.
El GER, a través de su Presidencia Pro Tempore, será el responsable (a base de decisiones consensuadas) de la elaboración y emisión de documentos y declaraciones políticas oficiales a nombre del GSDE que se consideren convenientes dirigir al Gobierno y a la opinión pública nacional e internacional.
El GER formulará las directrices y los lineamientos de trabajo al Grupo Técnico de Seguimiento (GTS). También encomendará al GTS la elaboración de documentos y declaraciones que estime conveniente. Estos documentos deberán ser revisados y aprobados por el GER previa difusión.
El Grupo Técnico de Seguimiento (GTS)
Actúa como la Secretaría Técnica del GSDE y está compuesta por los Representantes de las Agencias de Cooperación cuyos países y Organismos están representados en el GSDE.

Las funciones principales del GTS son:
- Preparación de las propuestas, agendas y recomendaciones necesarias para las reuniones internas del GER y las reuniones del GER con el Gobierno de Honduras.
- Preparación, para su aprobación y difusión, de los documentos de trabajo y declaraciones oficiales del GSDE.
- Establecimiento de las líneas generales para el funcionamiento del nivel técnico sectorial y revisión de los informes que provengan de los grupos y mesas sectoriales de trabajo. El GTS mantendrá al GER debidamente informado del avance del trabajo de los grupos y mesas sectoriales de trabajo y de los temas críticos que requieren ser abordados por el GER con el Gobierno.
- Coordinación con las instancias técnicas del Gobierno encargadas de la conducción y seguimiento de los procesos de desarrollo nacional y de la ERP. Las contrapartes fundamentales del Gobierno son la Subsecretaria de la Presidencia, UNAT, SETCO y SEFIN.
- Revisión de la documentación producida por el sistema de seguimiento de la ERP, incluyendo los reportes periódicos de los representantes del Consejo Consultivo.
- Promoción de un diálogo permanente con representantes de la Sociedad Civil.
- Preparación con representantes del Gobierno y de la Sociedad Civil de las reuniones tripartitas periódicas de seguimiento a los procesos de desarrollo nacional.
- Definición de nuevos espacios de coordinación entre cooperantes con el fin de una mayor complementariedad de las programaciones.
El GTS se reunirá periódicamente para realizar su trabajo y llevar a cabo los trabajos que le encomiende el GER. Además, sostendrá reuniones periódicas con sus contrapartes gubernamentales y representantes de la Sociedad Civil.
El GTS también formará sub-comités para llevar a cabo o supervisar el trabajo técnico de temas seleccionados.
Nivel Técnico Sectorial
Se trata de las instancias que los cooperantes trabajan a nivel de cada sector. El GSDE participa en dos niveles de coordinación sectorial: el primero, entre cooperantes (denominados grupos sectoriales de trabajo) y el segundo, en las iniciativas sectoriales de trabajo que el Gobierno promueve (denominadas mesas sectoriales y sub-grupos de trabajo de las mesas sectoriales).
Las mesas y los sub-grupos sectoriales deben constituir un foro de diálogo y concertación tripartita entre el Gobierno, la Sociedad Civil y el GSDE para definir el apoyo de éste último al impulso del proceso de desarrollo del país.

Las funciones principales del nivel técnico sectorial son:
- Coordinación de las acciones del GSDE y de otros cooperantes en el sector;
- Coordinación de las acciones del GSDE y de otros cooperantes ante las mesas sectoriales y sub-grupos de trabajo promovidos por el Gobierno con participación de la Sociedad Civil;
- Promoción, creación y funcionamiento de instancias participativas de planificación y seguimiento de las acciones al nivel sectorial;
- Establecimiento de los indicadores para el seguimiento de las acciones a nivel del área programática y de la Estrategia de Reducción de la Pobreza;
- Generación de información sobre los resultados de los trabajos de los varios grupos y mesas para el conocimiento y acción del GTS y del GER.