El G-16 tiene los siguientes niveles de funcionamiento:

El Grupo de Embajadores y Representantes (GER)

Representa el nivel político del G-16 y está compuesto por los Embajadores de los países y los Representantes Residentes de los organismos multilaterales miembros.

El Grupo Técnico de Seguimiento (GTS)

Actúa como la Secretaría Técnica del G-16 y está compuesta por los Representantes de las Agencias de Cooperación cuyos países y Organismos están representados en el G-16.

Nivel Técnico Sectorial

Se trata de las instancias que los cooperantes trabajan a nivel de cada sector. El G-16 participa en dos niveles de coordinación sectorial: el primero, entre cooperantes (denominados grupos sectoriales de trabajo) y el segundo, en las iniciativas sectoriales de trabajo que el Gobierno promueve (denominadas mesas sectoriales y sub-grupos de trabajo de las mesas sectoriales).

Las mesas y los sub-grupos sectoriales deben constituir un foro de diálogo y concertación tripartita entre el Gobierno, la Sociedad Civil y el G-16 para definir el apoyo de éste último al impulso del proceso de desarrollo del país.

Niveles de Coordinación entre Cooperantes en Honduras

El principal objetivo del G-16 es el de seguir apoyando el desarrollo de Honduras, orientado por los principios de Estocolmo, la Estrategia para la Reducción de la Pobreza y los Objetivos de Desarrollo del Milenio, para ello se ha creado una estructura que permite la coordinación entre los cooperantes.